نمایندگان مجلس شورای اسلامی روز شنبه ۴ اسفند و در جریان بررسی بودجه سال ۹۸، مصوبه‌ای را تصویب کردند که در صورت تائید آن از سوی شورای نگهبان، آستان قدس رضوی، بنگاه‌های اقتصادی نیروهای مسلح و ستاد اجرایی فرمان امام باید در سال آینده مالیات پرداخت کنند. بر اساس این مصوبه، درعین حال نهادهایی که اجازه صریح رهبر جمهوری اسلامی برای پرداخت نکردن مالیات را داشته باشند، از پرداخت مالیات معاف خواهند بود.
آستان قدس رضوی با دستور آیت الله خمینی، رهبر سابق جمهوری اسلامی، از پرداخت مالیات معاف شده و آیت الله خامنه‌ای، رهبر فعلی، نیز تاکید کرده که این نهاد نباید مالیات پرداخت کند.
در انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۶ که ابراهیم رئیسی، تولیت آستان قدس، یکی از نامزدهای انتخابات بود، موضوع پرداخت نکردن مالیات آستان قدس رضوی انتقاد حسن روحانی و مقامات دولت او را به دنبال داشت.
برخی از نهادهای اقتصادی زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی از جمله بنیاد مستضعفان و آستان قدس رضوی اعلام کرده‌اند که مالیات بر ارزش افزوده را پرداخت می‌کنند. اما به گفته منتقدان این بنیادها، مالیات بر ارزش افزوده در واقع مالیاتی است که تولیدکنندگان در نهایت آن را از مشتریان خود دریافت می‌کنند و با مالیات سالانه که دیگر فعالان اقتصادی می‌پردازند تفاوت دارد.
از حدود ۲۰ سال پیش نیز پرداخت نکردن مالیات توسط این نهادها انتقادهایی را به دنبال داشته است.
محمود احمدی نژاد، رئیس‌جمهوری سابق ایران، ۲۲ اسفند۹۶ در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای نوشته بود که بنیاد ۱۵ خرداد، بنیاد مستضعفان، ستاد اجرایی فرمان امام، بنیاد تعاون سپاه، بنیاد تعاون ارتش، بنیاد تعاون بسیج، بنیاد تعاون وزارت دفاع و بخش اقتصادی کمیته امداد امام، "بیش از ۷۰۰ هزار میلیارد تومان ثروت دارند که مردم از گزارش کار و درآمد و محل مصرف آنها بی‌اطلاعند".
علی مطهری، نایب رئیس مجلس، نیز در اسفند ماه ۹۵ گفت که با فعالیت نهادهایی چون "ستاد اجرایی فرمان امام" مخالف است، چرا که برخی از این نهادها از پرداخت مالیات معاف هستند و در اقتصاد کشور "اخلال ایجاد می‌کنند".
مجید فراهانی، دبیرکل حزب ندای ایرانیان و عضو شورای شهر تهران، هم پیش از این گفته است: "بیش از ۴۰ درصد اقتصاد ایران در اختیار بنیادها و نهادهایی است که یک ریال هم مالیات نمی‌دهند و با اتکا به رانت قدرت تمام طرح‌های ملی و عمرانی را در رقابتی نابرابر و غیرمنصفانه تصاحب می‌کنند".